Η καλλιέργεια σε φιάλη ανακίνησης είναι διαφορετική από την επιφανειακή καλλιέργεια όπου τα κύτταρα εκτίθενται απευθείας σε υψηλές συγκεντρώσεις οξυγόνου. Σε καλλιέργειες ανακινούμενης φιάλης, τα κύτταρα εκτίθενται σε χαμηλές συγκεντρώσεις οξυγόνου αφού οι μικροοργανισμοί αιωρούνται στον ζωμό καλλιέργειας.